Alguns estudos não demonstraram nenhuma diferença de gênero na utilização de substratos durante o exercício submáximo, a maioria relata uma grande dependência da oxidação lipídica em mulheres do que em homens para um dado relativo de intensidade do exercício. Essa maior dependência na oxidação lipídica é caracterizada por uma menor taxa de troca respiratória e uma depleção de glicogênio muscular atenuada. Além disso, uma maior oxidação intramuscular de triacilglicerol, maior lipólise do tecido adiposo e uma maior contribuição de ácidos graxos plasmáticos livres tem sido encontrados em homens do que em mulheres durante o exercício aeróbio.

Os hormônios ovarianos podem alterar a mobilização de substratos durante o exercício. As suas concentrações plasmáticas variam de acordo com o ciclo menstrual, e parece ser menor durante a fase folicular e maior durante a fase lútea. Apesar de vários estudos não encontrarem nenhuma modificação na oxidação de substrato durante o ciclo menstrual, outros sugerem que durante o exercício de intensidade moderada, o homem tem maior utilização lipídica e uma menor dependência de carboidratos na fase lútea do que na fase folicular. Os estudos suportam a ideia de que o homem tem maior oxidação lipídica do que as mulheres, mas também indicam que essa maior oxidação é modificada em respeito às intensidades mais altas de exercício e, homens do que em mulheres.